Njegova karijera se dalje usmerava ka ginekologiji i akušerstvu, oblasti u kojoj se specijalizovao u periodu od 2008. do 2012. godine. Nije stao na tome – 2019. godine dodatno se usavršava i postaje subspecijalista u perinatologiji, grani medicine koja se bavi trudnoćom i porođajem, fokusirajući se na zdravlje majke i deteta. Bojan Karadeglija trenutno obavlja funkciju Šefa odseka porođajnog bloka na Klinici za ginekologiju i akušerstvo Kliničkog centra Vojvodine. Njegov profesionalni angažman obuhvata članstvo u Lekarskoj komori Srbije i Srpskom lekarskom društvu. Takođe, aktivno učestvuje na brojnim nacionalnim i međunarodnim konferencijama, kursevima i seminarima, što dodatno potvrđuje njegovu posvećenost struci. Njegove ključne specijalizacije uključuju ginekologiju, akušerstvo, i perinatologiju, što ga čini jednim od vodećih stručnjaka u svojoj oblasti.